Prédiction de gènes parallélisée de haute performance dans MATLAB

Ce travail s’inscrit dans un cadre de recherche global du génome humain. Il s'intéresse particulièrement à l'identification de milliers de gènes qui demeurent toujours inconnus à ce jour. Afin de pouvoir effectuer cette tâche sur une plateforme informatique, les séquences d’acide désoxyribonucléique (ADN) seront traitées comme étant des signaux pour permettre l’usage des techniques en traitement numérique de signaux (TNS). Cette approche permettra de réduire les coûts et surtout, le temps que prennent les chercheurs à trouver un gène impliqué dans une maladie. Le projet est divisé en deux volets. Le premier volet de cette recherche consiste à réduire de façon importante les temps de calcul de certains algorithmes en bio-informatique. Cette recherche propose une méthode de mise en oeuvre des algorithmes de prédiction de gènes en parallèle avec le logiciel MATLAB. Les approches proposées sont basées soit sur l’algorithme de Goertzel ou de FFT en utilisant diverses procédures de parallélisme sur une unité centrale de traitement (CPU) et à une unité de processeur graphique (GPU). Les résultats montrent que l’utilisation d’une approche simple, c’est-à-dire sans modification de l’implémentation dans MATLAB, peut nécessiter plus de 4 h et demie pour le traitement de 15 millions de paires de bases (pb) alors qu’une implémentation optimisée peut effectuer la même tâche en moins d’une minute. Nous avons obtenu les meilleurs résultats avec l’implémentation sur GPU qui a pu compléter l'analyse en 57 s, ce qui est plus de 270 fois plus rapide qu’une approche conventionnelle. Ce premier volet de recherche propose deux stratégies pour accélérer le traitement des données du génome humain et s’appuie sur les différents mécanismes de parallélisation. Lorsque l'implantation se fait avec un CPU, les résultats indiquent qu'il serait préférable d'utiliser une fonction de bas niveau (MEX) afin d'augmenter la vitesse d’exécution. De plus, l'usage des boucles parallèles (PARFOR) doit être effectué dans un ordre précis pour bénéficier au maximum du parallélisme dans l’implantation de Goertzel. Lorsque l'implantation est exécutée sur le GPU, les données doivent être segmentées en plus petits blocs afin d'optimiser les temps de traitement. En effet, les blocs qui sont trop gros risquaient de dépasser la taille de la mémoire tandis que des blocs trop petits ne permettaient pas à l'usager de bénéficier pleinement du parallélisme. Dans le second volet, nous avons poursuivi avec l’implantation d’un second algorithme qui permet de cibler les régions susceptibles à la présence de gènes. Cet algorithme se base sur les hexamères qui sont de courtes séquences d’ADN composées de 6 nucléotides. De toutes les variations d’hexamères possibles (4096), seulement 40 de celles-ci se retrouvent plus souvent dans les régions codantes que non codantes. Les autres hexamères se retrouvent autant dans les introns que dans les exons. Il est donc possible de survoler les séquences d’ADN et, selon la présence ou l’absence de certains hexamères, de prédire quelles régions sont codantes. Lors de la superposition des deux approches, soit l’analyse en fréquence et l’analyse des hexamères, il est possible de mieux cibler les zones où l’on peut retrouver de nouveaux gènes. Les analyses effectuées avec les différents algorithmes présentent des valeurs qui témoignent de la probabilité de retrouver un gène dans une région donnée. Pour compléter le processus de prédiction, il est important de déterminer un critère à partir duquel le programme décide qu’il s’agit réellement d’un gène. Ce critère est basé sur trois paramètres, soient le seuil positif, le seuil négatif et taille de la fenêtre. Afin de déterminer les valeurs optimales, les trois paramètres ont été balayés et la meilleure combinaison a été identifiée. L’approche proposée dans ce mémoire permet d’analyser de grandes séquences d’ADN en peu de temps afin d’identifier des zones susceptibles de coder un gène. Ce processus est important puisqu’on estime qu’il reste encore quelques milliers de gènes inconnus qui peuvent être responsables de plusieurs maladies génétiques. Nous espérons que ce travail contribuera à la découverte de nouveaux gènes pour ainsi mieux diagnostiquer certaines maladies génétiques

Besoins de formation continue d’éducateurs physiques et à la santé

L’objectif de cette étude consiste à décrire les besoins de formation continue (FC) des enseignants en éducation physique et à la santé (ÉPS) en matière d’éducation à la santé (ÉS) à travers l’éclairage du référentiel québécois des compétences professionnelles (CP). Les données issues d’un questionnaire complété par 223 enseignants d’ÉPS au primaire (F=80 ; H=143) révèlent des besoins de FC nombreux et variés. La conception d’outils pédagogiques et l’évaluation des élèves associées aux compétences professionnelles de l’acte d’enseigner constituent leurs plus grandes préoccupations. Les enseignants souhaitent une formation qui assurerait un accompagnement individualisé adapté à leurs besoins. La perspective d’une culture de collaboration visant à créer un environnement où le développement professionnel continu prend vie à l’intérieur de l’école est explorée.This study aims at describing the needs for continuous education (FC) for physical and health education (ÉPS) teachers in the field of Health Education (ÉS) and filtered through the Québec benchmark of Professional Competencies (CP). The data from a questionnaire filled in by 223 ÉPS teachers at the elementary level (F=80; M=143) reveal numerous and assorted FC needs. The teachers’ most important concerns include the development of pedagogical tools and student assessments linked to the professional competencies related to the act of teaching. Teachers are looking for training that provides individualized support adapted to their needs. The study explores the perspective of a collaborative culture that would create an environment in which continuous professional development is offered within the school environment.El objetivo del presente estudio es describir las necesidades de formación continua (FC) de los docentes en educación física y para la salud (EPS) respecto a la educación para la salud (ES) a través del enfoque del referencial de competencias profesionales de Quebec (CP). Los datos procedentes de un cuestionario llenado por 223 docentes de EPS en la primaria (F=80; H=143) muestran que las necesidades de FC son numerosas y variadas. La concepción de instrumentos pedagógicos y la evaluación de los alumnos, asociadas a las competencias profesionales del acto de enseñar, constituyen sus preocupaciones las más grandes. A los docentes les gustaría poder contar con una formación que proporcionara un acompañamiento individualizado adaptado a sus necesidades. Se explora la perspectiva de una cultura de colaboración para crear un entorno donde el desarrollo profesional continuo queda plasmado dentro de la escuela

Loss of interleukin-17 receptor D promotes chronic inflammation-associated tumorigenesis.

Interleukin-17 receptor D (IL-17RD), also known as similar expression to Fgf genes (SEF), is proposed to act as a signaling hub that negatively regulates mitogenic signaling pathways, like the ERK1/2 MAP kinase pathway, and innate immune signaling. The expression of IL-17RD is downregulated in certain solid tumors, which has led to the hypothesis that it may exert tumor suppressor functions. However, the role of IL-17RD in tumor biology remains to be studied in vivo. Here, we show that genetic disruption of Il17rd leads to the increased formation of spontaneous tumors in multiple tissues of aging mice. Loss of IL-17RD also promotes tumor development in a model of colitis-associated colorectal cancer, associated with an exacerbated inflammatory response. Colon tumors from IL-17RD-deficient mice are characterized by a strong enrichment in inflammation-related gene signatures, elevated expression of pro-inflammatory tumorigenic cytokines, such as IL-17A and IL-6, and increased STAT3 tyrosine phosphorylation. We further show that RNAi depletion of IL-17RD enhances Toll-like receptor and IL-17A signaling in colon adenocarcinoma cells. No change in the proliferation of normal or tumor intestinal epithelial cells was observed upon genetic inactivation of IL-17RD. Our findings establish IL-17RD as a tumor suppressor in mice and suggest that the protein exerts its function mainly by limiting the extent and duration of inflammation